Szpital pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego powstał w 1868 roku jako Szpital Najświętszej Marii Panny na Pradze i stanowił pierwotnie filię Szpitala Dzieciątka Jezus (obecnie Lindleya, zał. w 1732 roku). Wybudowano wówczas dwa budynki, do których dołączono później pawilony znajdujące się przy ulicy Panieńskiej oraz tereny dawnych koszar wojskowych. Z powodu oddalenia od centrum miasta szpital służył jako miejsce leczenia dotkniętych epidemią. W 1934 roku wzniesiono nowy budynek wg proj. J. Jawornickiego.

We wrześniu 1939 roku plac Weteranów był stale bombardowany przez Niemców, tak więc w nocy z 7 na 8 września dyrektor szpitala, dr Zdzisław Michalski zarządził ewakuację do gmachu dawnego Domu Akademickiego Studentów Żydowskich przy ulicy Sierakowskiego. Te budynki, które nie uległy zniszczeniu zostały przeznaczone przez Niemców na lazaret wojskowy. W czasie okupacji szpital mieścił się w kilku budynkach (poza wspomnianym, przy ul. Sierakowskiego również na Szerokiej, Jagiellońskiej i Floriańskiej). W lutym 1944 roku lekarze podjęli walkę o uratowanie życia rannym żołnierzom Armii Krajowej - Bronisławowi Pietraszewiczowi ps. “Lot” i Marianowi Sengerowi ps. “Cichy” - uczestnikom zamachu na szefa warszawskiego Gestapo, generała Franza Kutscherę.
Po wojnie, w 1948 roku szpital został odbudowany i uzyskał nazwę Szpitala Praskiego. W lutym 2007 roku odbyła się uroczystość odsłonięcia okolicznościowych tablic - jedna z nich poświęcona jest pracownikom ratującym życie żołnierzom po zamachu na Kutscherę, druga natomiast upamiętnia pisarza Władysława Stanisława Reymonta, który był leczony w Szpitalu Przemienienia Pańskiego od 13 lipca do 10 sierpnia 1900 roku po wypadku kolei linii Warszawa - Wiedeń.