Została zbudowana w latach 1825-1828 według projektu Antonio Corazziego u wjazdu na most łączący Warszawę z Pragą. Należała ona do warszawskiego Wydziału Mostowego pobierającego opłaty za przejazd i przewóz towarów i sprawującego nadzór nad mostem.
Komora jest budynkiem w stylu klasycystycznym, jej fasadę ozdobiła duża płaskorzeźba w trójkątnym tympanonie autorstwa Tomasza Accardiego przedstawiająca boga mórz - Neptuna powożącego rydwanem zaprzężonym w cztery konie o rybich ogonach w otoczeniu pary delfinów.
Po oddaniu do użytku Mostu Kierbedzia (1864) zaniechano budowania mostów łyżwowych, przez co Komora straciła na znaczeniu. Budynek zaczął popadać w ruinę, w 1869 roku rozebrano zachodnie skrzydło od strony Wisły, wschodnie zaś przebudowano i podwyższono.
W czasie wojny budynek został uszkodzony. W 1965 roku budowlę wpisano do rejestru zabytków. W latach 1975-1978 przeprowadzono odbudowę Komory, rozebrano wówczas wschodnie skrzydło, a po rozbiórce zrekonstruowano oba skrzydła według pierwotnego projektu Corazziego oraz przywrócono wystrój centralnej części budynku. Budynek mieścił siedziby różnych instytucji, obecnie znajduje się tu Urząd Stanu Cywilnego.